Sono stati trovati nel territorio molti reperti di insediamenti preistorici e classici, infatti si pensa che furono i Fenici i primi ad arrivare in Sicilia. I ruderi di un edificio vicino ad una grotta, si crede, siano i resti di un tempio dedicato al Dio "Kronos". Il paese nacque in origine come borghata di Palermo nel 1700 con il nome di "Abbate" in onore dell'abate Antonino Agnello che in quel periodo era proprietario di quelle terre, l'abate Agnello fece costruire una cappella con una "casina" adiacente e vicino a queste altre case per le famiglie dei suoi dipendenti; l'attuale Villabate si estese attorno a questo nucleo originario. Dopo essere stato borgo di Palermo il 1° Maggio del 1816 diventò autonomo e venne nominato come sindaco Ignazio Pitarresi.