Esistono diverse versioni circa le origini di Scillato, alcuni pensano che sia stata fondata da una colonia di ateniesi col nome di "Scillezzia" o "Scilluzzia" in nonore della dea Minerva, mentre alcuni autori come lo storico Fazzello sostengono che vi sia un origine molto più recente e la fa risalire alla concessione che la contessa normanna Adelasia nel 1156 fece di un mulino alla chiesa di Cefalù. Sotto la dominazione normanna Scillato era di proprietà della contessa Adelasia, nel '700 ne diventò proprietario il duca Ferrandina e fece parte della signoria di Caltavoturo. Con la fondazione del regno d'Italia Scillato diventò frazione del comune di Collesano. Il 2 maggio 1961 il paese si stacca dal comune di Collesano e diviene Comune Autonomo.